Автором концепции выступила Валентина Фёдорова, которая в 1960-х трудилась главным редактором на центральном телевидении СССР. К ней присоединились известные писатели: Александр Курляндский, Эдуард Успенский, Роман Сеф и другие. Достаточно быстро оказались написаны сценарии первых выпусков и разработаны эскизы кукол: песика Фили, зайки Степашки и поросенка Хрюши. Первый выпуск вышел 1 сентября 1964 года.
Заставка появилась только к 1965-му. Поначалу она была черно-белой и изображала часы с движущимися стрелками, но к концу 1970-х стала цветной. Позднее знаменитую пластилиновую анимацию придумал и воплотил в жизнь режиссер и художник Александр Татарский, создатель культовых мультфильмов «Пластилиновая ворона», «Падал прошлогодний снег», «Братья пилоты» и иных не менее известных и любимых произведений, а колыбельную придумали композитор Аркадий Островский и поэт Зоя Петрова.
Программа трижды становилась лауреатом премии «ТЭФИ» – в 1997, 2002 и 2003 годах.
За всю свою историю передача несколько раз «переезжала» на разные каналы, и ее содержание претерпевало изменения. Малышам показывали поучительные мультфильмы, давали советы о здоровье, знакомили с интересными гостями.
Сегодня «Спокойной ночи, малыши» – это большое шоу с разнообразными рубриками. Так, маленькие зрители учатся готовить, познают иностранные языки, погружаются в историю искусства и даже осваивают финансовую азбуку. Основной ведущей уже много лет является Оксана Фёдорова. В разное время ее сменяли актеры Сергей Безруков, Анна Михалкова, Михаил Пореченков, Татьяна Веденеева, певцы Николай Басков, Дмитрий Маликов и многие другие известные персоны.
