Проект крепости разрабатывал военный инженер из Франции, прадед Александра Пушкина Абрам Ганнибал.
Осенью 1724 года под руководством вице-адмирала П.И. Сиверса началось строительство крепости. В западной части возвели шесть бастионов, которые получили свое название в честь Бутырского, Преображенского, Ингерманландского, Семёновского, Лефортовского, Морского полков. Восточная часть должна была состоять из двух бастионов, а северная – из четырех. Но при Петре I их не успели построить, а Петр II план крепости значительно упростил.
В 1732 году из-за бури были разрушены многие укрепления западной части, которые потом восстанавливали в течение нескольких лет. К 1734 году закончили строительство северной части.
В годы царствования Елизаветы Петровны выделялось гораздо больше средств на строительство крепости. Были изменены профили флангов, закончено строительство восточной части крепостной стены, начали сооружение морских батарей.
Из-за постоянной угрозы войны со Швецией Кронштадтская крепость содержалась в боевой готовности и модернизировалась в вооружении. Война с Францией 1805 года и война с Турцией 1806 года заставили руководство страны начать укрепление стен, чтобы крепость смогла выдержать открытый огонь.
После победы, одержанной в 1812 году, началась мирная жизнь крепости. Но из-за постоянного натиска стихий приходилось все время обновлять деревянные укрепления. Сильное наводнение 1824 года нанесло неповторимый урон Кронштадту: были повреждены боевые орудия, смыты многие постройки, разрушены укрепления. Восстановление шло шесть лет.
Во время Великой Отечественной войны отсюда начиналась единственная дорога, которая связывала блокадный Ленинград со страной.